Die Kartoffeln schälen, waschen, in ein Topf geben und weich kochen. Wenn die Kartoffeln gar sind (circa 30 Minuten), abgießen und in eine Schüssel geben. Butter zu den Kartoffeln geben und diese pürieren. Nach und nach die Milch dazugeben bis ihr einen cremigen Kartoffelpüree habt. Diesen mit Salz und Muskat nach Geschmack würzen.
Während die Kartoffeln kochen kümmern wir uns um die Füllung. Dafür Karotten und Zwiebel schälen und würfeln. Etwas Öl in einer Pfanne erhitzen und die Karotten- und Zwiebelwürfel darin für 5 Minuten andünsten. Hackfleisch zugeben und von allen Seiten gut anbraten. Mit Salz und Pfeffer würzen und den Thymian zugeben. Erbsen unterheben und für 5 Minuten kochen.
Mehl über die Fleischmischung geben und gut verrühren. Tomatenmark zugeben und unterheben. Rotwein zugeben und für 5 Minuten köcheln lassen. Gemüsebrühe zugeben und einköcheln lassen, bis eine dickflüssige Sauce entstanden ist.
In der Zwischenzeit Ofen auf 200°C Ober- und Unterhitze vorheizen.
Fleischmischung in eine feuerfeste Form verteilen. Das Kartoffelpüree darauf verteilen. Käse über das Püree reiben. Shepherd’s Pie für20-25 Minuten in den Ofen geben.